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免疫系统疾病引起的疾病分为两大类：免疫缺陷和自身免疫。 免疫疗法也经常用于免疫抑制（例如HIV患者）和患有其他免疫缺陷或自身免疫疾病的人。 这包括调节诸如IL-2，IL-10，IFN-α的因子。 HIV感染的特征不仅在于深度免疫缺陷的发展，还在于持续的炎症和免疫激活。 慢性炎症是免疫功能紊乱，老化相关疾病过早出现和免疫缺陷的关键驱动因素。